Lahirnya Perhimpunan Filantropi Indonesia (PFI) berawal dari prakarsa sejumlah individu dan lembaga/organisasi nirlaba yang sejak tahun 2003 merintis jaringan Prakarsa Penguatan Filantropi di Indonesia, dan telah sepakat untuk melanjutkan dan melembagakan kegiatan bersama mereka dalam suatu wadah perkumpulan yang bersifat nirlaba dan mandiri.
Tahun 2016, PFI melakukan perubahan terhadap brand organisasi menjadi ‘Filantropi Indonesia’. Hal ini untuk menghindari persepsi negatif yang ada mengenai perhimpunan atau paguyuban, serta mempermudah dan mempersingkat penyebutan nama. Logo Filantropi Indonesia yang baru menggambarkan relasi di antara tiga aktor filantropi di Indonesia, yaitu pemberi hibah (grant making), organisasi perantara (intermediary), dan pelaksana atau penerima hibah (implementing), yang dilambangkan dengan tiga lingkaran berbeda warna.
Filantropi Indonesia sendiri adalah lembaga nirlaba dan mandiri yang dimaksudkan untuk memajukan filantropi di Indonesia agar bisa berkontribusi dalam pencapaian keadilan sosial dan pembangunan berkelanjutan. Filantropi Indonesia dimaksudkan untuk memajukan kepentingan para pelaku filantropi, baik yang berasal dari sektor pemberi, pengelola/penyalur/perantara, maupun penerima bantuan, atas dasar prinsip kemitraan, kesetaraan, keberagaman, keadilan, universalitas filantropi dan kebangsaan Indonesia.